整腸薬だからといって、どのように飲んでも安全というわけではない。専門家が指摘する「やってはいけない注意点」の筆頭が、熱湯や熱いお茶での服用だ。乳酸菌は熱に弱いため、熱湯で流し込むと菌が失活してしまう可能性がある。必ず常温の水か、人肌程度のぬるま湯を使用したい。
また、風邪などで病院から抗生剤（抗菌薬）を処方されている場合は注意が必要だ。一般的な整腸薬に含まれる善玉菌は、抗生剤の作用によって死んでしまうことがある。抗生剤服用時には、抗生剤に耐性を持つ専用の処方薬（ビオフェルミンRなど）を医師に処方してもらうか、服用の間隔を十分に開けるといった工夫が求められる。日常的な腹痛や便秘・下痢に対して漫然と飲み続けるのではなく、症状が改善しない場合は医療機関を受診する潔さも大切だ。
