全国的にも大きく報道されたのが、看板クラブである野球部における体罰問題と指導者の処分です。強豪チームとしての結果を求めるあまり、監督やコーチ陣による部員への暴力行為や威圧的な暴言が常態化していた実態が明らかになりました。
日本学生野球憲章に明確に違反するこの事案に対し、日本学生野球協会および日本高等学校野球連盟（高野連）は厳罰を下しました。当時の監督・指導陣に対して一定期間の謹慎処分（対外試合および指導の禁止）が科され、チーム自体も公式戦への出場辞退を余儀なくされるなど、選手たちにとっても極めて重い代償を払う結果となりました。甲子園を目指して日々練習に励んでいた一般部員にとっても、極めて厳しい現実が突きつけられた瞬間でした。
