リムジンバスの運行は、長崎県交通局（長崎県営バス）と長崎自動車（長崎バス）の2社によって共同運行されています。便数自体は日中10〜15分間隔と高頻度で設定されているものの、長崎駅前バスターミナルの混雑ピークと重なると、あっという間にキャパシティを超えてしまいます。
特に混雑が激化するのは以下の時間帯です。
- 平日・休日の早朝（7:00〜8:30頃）：東京（羽田）行きの始発便やビジネス需要が集中する時間帯。
- 日曜・祝日の夕方から夜（16:00〜19:30頃）：観光客の帰路と最終フライト前の混雑がピークに達する時間帯。
- 大型連休やイベント開催時：長崎ランタンフェスティバルやおくんち、学会開催時期など。
ここで旅行者が最も陥りやすい罠が「のりばの選択」です。長崎駅前のバス乗り場は乗客が最も多く集まるポイントですが、運行ルート上の始発地点ではありません。多くの系統は「ココウォーク茂里町」や「長崎新地ターミナル」などを始発としており、長崎駅前に到着した時点ですでに半分以上の席が埋まっているケースが頻発します。途中停留所から乗車しようとすると、前の席が埋まっていてグループで離ればなれになったり、最悪の場合は乗車拒否されたりするリスクが高まります。
