訪問計画を立てるうえで気になるのが所要時間と混雑状況です。現地調査および来館者データに基づくと、館内を一通り鑑賞し、タッチプールやエサやり体験を満喫した場合の標準的な滞在時間は約1時間から1時間30分です。じっくりと顕微鏡観察や実験コーナーを体験しても2時間程度で完結します。
混雑のピークは、土日祝日の11:00〜14:00頃に集中します。特にゴールデンウィークや夏休み期間は、渚園のキャンプ場やバーベキュー施設の利用者と駐車場が共有となるため、渚園駐車場入口付近で一時的な入場待ちが発生するケースがあります。混雑を避けるなら、開館直後の9:00〜10:00または15:00以降の夕方枠を狙うのがベストです。
また、浜名湖ウォットは雨の日の子連れお出かけスポットとして静岡県西部エリアで屈指の人気を誇ります。主要な展示および体験コーナーはすべて完全屋内に設置されているため、天候に左右されることなく快適に過ごせます。ベビーカーでの移動がしやすいスロープ設計や授乳スペースも完備されており、小さな乳幼児連れでも安心感を持って滞在できる環境が整っています。