神戸市内で先進的な公立教育モデルとして定着した港島学園の評判を検証すると、保護者層から特に支持されているのが9年間を見据えた段階的指導体系です。従来の「6・3制」では小学校6年生から中学校1年生への進級時に学習環境や生活リズムが激変し、不登校や成績不振を招く「中1ギャップ」が全国的な教育課題となっていました。
港島学園では学年区分を「前期（1〜4年生）」「中期（5〜7年生）」「後期（8〜9年生）」に分ける「4-3-2制」を採用しています。教科担任制を小学5年生（5年生段階）から段階的に導入することで、子どもたちは発達段階に応じた無理のない形で高度な学習習慣を身につけることが可能です。
さらに、1年生から実施される体系的な外国語活動や、ICT端末を活用した協働学習など、神戸市の教育特区的な実証実験校としての特色も色濃く反映されています。教育委員会関係者の報告によると、標準的な公立校と比較して学習意欲の維持率が高く、学年間の縦割り活動を通じた自己肯定感の向上が顕著に確認されています。
