大学入試改革が進むなかで、自修館中等教育学校が長年培ってきた「探究学習」の教育モデルは、極めて高い親和性を見せています。
生徒は前期課程から「なぜ？」を掘り下げるリサーチ手法を学び、後期課程では1万字規模の卒業論文をまとめ上げます。この過程で培われる課題発見力、論理的思考力、口頭試問への対応力は、近年の大学入試で定員の多くを占めるようになった総合型選抜（旧AO入試）や学校推薦型選抜において圧倒的なアドバンテージとなっています。
進学実績の内訳を見ると、国公立大学（横浜国立大学、首都大学東京／東京都立大学、神奈川県立保健福祉大学など）へのコンスタントな合格者を輩出するとともに、早慶上理、GMARCH（学習院、明治、青山学院、立教、中央、法政）、成成明学獨國武といった難関私立大学への合格実績をしっかりと維持しています。
入学時の持ち偏差値（四谷大塚30台後半〜40台）と比較したとき、最終的な大学進学先における「学力の伸長度（お得度）」は県内屈指と言えます。偏差値の輪切りで生徒を評価するのではなく、6年間で知的好奇心を耕す指導プロセスが出口の実績へと結実しています。
