同店を訪れる上で最大の関門となるのが、その長大な行列です。ラーメン二郎 神田神保町店の待ち時間は、平日の昼時や夕方前のアイドルタイムであっても40分〜90分、混雑のピークや週末前後には120分〜150分以上に達することが日常茶飯事となっています。
並ぶ際には、近隣の商業施設や歩行者の通行を妨げないための厳格な並び方が定められています。店舗前から指定された路地の壁沿いに沿って整列し、曲がり角や建物入口を絶対に塞がないよう間隔を詰めるのが鉄則です。店舗周辺の環境維持のため、代表待ち（割り込み）や列内での喫煙・ポイ捨ては厳に慎まなければなりません。
また、ラーメン二郎 神田神保町店の営業時間は昼営業が中心となっており、麺切れによる早期終了も頻繁に発生します。突発的な仕込みの都合や設備メンテナンスによる臨時休業も存在するため、訪問当日は必ず公式Twitter（現X）の臨休告知を事前に確認することがリスクヘッジとなります。なお、特別営業等を除き、通常の整理券制は常時採用されておらず、原則として先着順の並び順となります。
