期限を過ぎてしまった納税者の間で、特に誤解が蔓延しているのが「青色申告」の扱いと「還付申告」の期限に関するルールです。正しい知識を持たないまま自己判断すると、本来払う必要のない税金を失うことになります。
第一の落とし穴は、青色申告特別控除 期限遅れによる大幅な控除額削減です。最高65万円（または55万円）の青色申告特別控除を受けるための絶対条件は「法定申告期限内の申告」です。たとえ1日でも期限を過ぎて提出した場合、控除額は一律10万円へと強制的に減額されます。これにより課税所得が最大55万円跳ね上がり、所得税・住民税・国民健康保険料のトリプル増税を招くことになります。さらに、期限後申告が2年連続で続くと、税務署から青色申告の承認そのものを取り消されるという極めて重い措置が下されます。
一方で、完全に真逆の性質を持つのが「還付申告」です。会社員で医療費控除やふるさと納税の申告を忘れていた場合や、事業所得で源泉徴収税額が年間の確定税額を上回っているケースでは、期限を過ぎてもペナルティは1円も発生しません。税務上の規定により、還付申告 5年以内であれば過去にさかのぼって提出が認められており、納めすぎた税金が利息（還付加算金）付きで返還されます。自分が「納める側」なのか「戻る側」なのかを冷徹に見極めることが欠かせません。
見落としてはならないのが住民税 申告期限 遅れに伴う二次被害です。所得税の確定申告データは市区町村へ自動連動しますが、期限後申告によってデータ反映が遅れると、初夏の住民税決定通知に各種控除が反映されず、暫定的に高額な住民税や国民健康保険料が請求される事態に陥ります。後から更正されるとはいえ、一時的な資金繰りの圧迫は避けられません。
