秋篠宮さまの研究分野は、淡水魚であるナマズ類と、ニワトリをはじめとする家禽類の起源解明に大別されます。単なる愛好家の観察にとどまらず、DNA解析や形態測定を用いた極めて本格的な比較生物学を展開されてきました。
1996年には、総合研究大学院大学に「タイ国巨大ナマズの形態学的並びに分子生物学的研究」と題する博士論文を提出し、博士（理学）の学位を取得されました。タイのメコン川流域に生息する世界最大の淡水魚「メコンオオナマズ」の生態や遺伝的系統を明らかにしたこの研究は、絶滅危惧種の保護管理における重要な基礎データとなっています。
また、秋篠宮さまは長年にわたり山階鳥類研究所の総裁を務められると同時に、自らも東南アジアや日本各地でフィールド調査を実施。遺伝子情報を用いて野生の赤色野鶏から家禽のニワトリがどのように家畜化されたのかを突き止めるなど、進化生物学の分野で国際学術誌に共著論文を多数発表されています。学会の研究者からも「徹底した現地調査と科学的データに基づく本格派の研究者」として揺るぎない評価が寄せられています。
