フェリー旅を計画する上で最も気になるのが、運賃と車両積載費用の構造です。新日本海フェリーの運賃体系は、季節波動に応じた期間区分(通常期A期間、中間期B期間、繁忙期C期間など)によって変動します。
旅客運賃は、リーズナブルな大部屋・カプセル型ベッド(ツーリストA/S)から、専用テラスやバス・トイレを備えた上級個室(ステート、デラックス、スイート)まで多彩に用意されています。マイカーを持ち込む場合、車長(3m未満、4m未満、5m未満など)に応じた航送運賃が設定されており、この車両運賃には通常「運転者1名分の基本旅客運賃(ツーリストA)」が含まれているのが大きな特徴です。
少しでも費用を抑えたい場合、公式WEB予約システムの活用が欠かせません。新日本海フェリーではインターネット予約による割引(WEB決済割引)や、季節限定のマイカー・バイク向けパッケージプランが提供されています。2026年現在の予約システムでは、乗船日の約3ヶ月前(同日)から予約受付が開始されるため、特にGWやお盆休みなどのピーク期を狙う場合は、受付開始直後の確保が必須です。