ピコスルファートナトリウムが便秘治療において重宝される最大の理由は、そのユニークな作用機序にあります。一般的な刺激性下剤の多くは胃や小腸を刺激しながら大腸へ届きますが、ピコスルファートナトリウムは経口投与されても胃や小腸ではほとんど吸収・分解されません。そのまま不活性な状態を保ったまま大腸へと到達します。
大腸に到達したピコスルファートナトリウムは、腸内細菌が持つ酵素（アリルスルファターゼ）によって加水分解を受け、活性本体である「ジフェノール体（BHPM）」へと変化します。このジフェノール体が大腸粘膜の副交感神経叢を局所的に刺激することで、腸管の蠕動（ぜんどう）運動を活発化させます。同時に、腸管壁からの水分吸収を抑制し、便の水分量を増やして排便を容易にするダブルの働きを発揮します。ラットを用いた比較試験等の基礎データにおいても、対照群と比較して有意な水分吸収抑制作用が確認されています。
気になる効果が出るまでの時間は、通常服用後およそ7〜12時間です。この時間差こそが、医療現場で「就寝前服用」が原則とされる決定的な理由です。夜22時前後に服用して眠りにつくことで、翌朝7時〜10時頃の自然な起床・朝食のタイミングに合わせてスムーズな便意が訪れるよう設計されています。
