ココスといえば、アニメや人気キャラクターとの趣向を凝らしたコラボレーション企画でも知られている。過去には、熱狂的なファンを呼び寄せた「ガールズ&パンツァー コラボキャンペーン」をはじめ、愛らしいキャラクターグッズが話題となった「あらいぐまラスカル コラボプロジェクト」など、ヒット企画を次々と展開してきた。
店内では限定クリアファイルの配布や、作品の世界観をイメージしたオリジナルメニューの登場など、訪れるたびに新しい発見がある。SNS上では「次のコラボは何が来るのか」といった限定メニューの噂が絶えず飛び交っており、作品ファンのみならず一般の来店客をも楽しませるエンタメ性が店舗の価値を高めている。