新幹線こだま号を利用する上で、真っ先に頭に入れておくべき大原則があります。それは、「東京〜新大阪（東海道新幹線）」と「新大阪〜博多（山陽新幹線）」で編成両数と自由席の配置ルールが完全に分断されているという事実です。
JR各社の公式発表資料および新幹線こだま号車案内現在の運行パターンによると、編成ごとの自由席位置は以下のように明確に区分されています。
まず、東京駅から新大阪駅を結ぶ東海道新幹線こだま自由席は、全列車が16両編成で運行されています。そのうち、自由席として設定されているのは1号車から6号車、および13号車から16号車の合計10両です。中間の7号車から12号車（指定席およびグリーン車）を挟み込む形で、前後に自由席が大きく分かれているのが特徴です。ただし、大型連休やお盆などの超繁忙期には、需要動向に応じて13号車や14号車が指定席へと臨時変更される運用が存在するため、駅の発車標表示には細心の注意を払う必要があります。
一方、新大阪駅から博多駅の間を走る山陽新幹線こだま自由席は、主に700系（レールスター編成）や500系などの8両編成で運行されます。このこだま8両編成自由席位置は、基本的に1号車〜3号車と7号車〜8号車の計5両です。山陽新幹線のこだまでは、中央の4号車〜6号車が指定席に割り当てられており、特に元レールスター車両の指定席は「2列＋2列」の広々としたサルーンシート仕様になっているため、自由席（3列＋2列）とは居住性が明確に差別化されています。
