店舗減少の裏で業界内に大きな衝撃を与えたのが、本部である株式会社乃が美ホールディングスと、地方で複数店舗を展開していたフランチャイズ（FC）オーナーたちとの間で勃発した泥沼の対立劇でした。
発端は、売上が急減する中で課される「売上の10％前後とされる高いロイヤリティ」と「本部指定の原材料仕入れマージン」を巡る不満の爆発です。赤字に苦しむFCオーナー有志がロイヤリティの減額や契約見直しを求めて団結し、一部のオーナーが本部を相手取って裁判を起こす事態にまで発展しました。当時の週刊誌報道や関係者の証言によると、店舗の新規出店を最優先させた急拡大フェーズにおいて、本部と現場のコミュニケーション不全や支援体制の脆弱さが浮き彫りになったと指摘されています。
この混乱の渦中で、ブランドをゼロから立ち上げ、メディアの寵児となっていた創業者・阪上雄司氏が代表取締役を退任。創業者が現場を去ったことで、組織のガバナンスとブランド戦略は大きな転換点を迎えました。本部側も不採算FCの整理を進め、資本関係やマネジメント体制の刷新を余儀なくされたのです。
