京都の地名には歴史的な故事に根ざすものが数多く存在しますが、「百万遍」ほど宗教的熱量と朝廷の歴史が色濃く残る場所は稀です。現在の地名は、交差点の北東に広がる浄土宗七大本山の一つ、大本山百萬遍知恩寺に由来しています。
知恩寺の公式記録や寺伝によると、その転換点は鎌倉時代末期の元弘元年（1331年）に訪れました。当時、都では恐るべき疫病が大流行し、無数の民衆が命を落としていました。事態を重く見た後醍醐天皇は、知恩寺第8世の善阿空円（ぜんあくうえん）上人に対し、疫病退散の祈祷を命じます。空円上人は門弟たちとともに、昼夜を徹して「南無阿弥陀仏」の名号を7日間で100万回唱え続けました。すると猛威を振るっていた疫病が奇跡的に終息したと伝えられています。
この功績に深く感激した後醍醐天皇から、寺に対して「百萬遍」の勅号と弘法大師作と伝わる利剣名号の軸、そして1,080個の念珠が下賜されました。もともと知恩寺は一条烏丸付近（現在の御所近隣）に位置していましたが、度重なる移転を経て江戸時代初期の寛文年間に現在の左京区田中門前町へと移転。寺号がそのまま交差点名や地域全体の通称として定着し、現在に至っています。
