妙立寺の参拝において最大の関門となるのが「電話予約」だ。インターネット全盛の現代においても、妙立寺では参拝者の重複を防ぎ、丁寧な注意事項を事前アナウンスするために、受入管理を原則として電話対応に一本化している。
「忍者寺カラクリ拝観ツアー」の電話予約受付は、拝観希望日の3ヶ月前から開始される。土日祝日やゴールデンウィーク、紅葉シーズンの予約枠は受付開始直後から電話回線が混み合い、繋がったときにはすでに満席というケースも珍しくない。狙い目は、午前の受付開始直後（9時台）のピークを避けた午前11時前後や、午後3時過ぎの比較的回線が安定する時間帯だ。電話をかける前に、希望する時間帯の第3候補までメモを手元に用意しておくのが成功の鉄則と言える。
