ユーザーから最も多く寄せられる疑問が「Yポイントや購入アイテムは消えないか」という点だ。『妖怪ウォッチ ぷにぷに』では、LEVEL5 IDを用いた連携システムにより、Yポイントをはじめとするゲーム内データの大半が保持される仕組みになっている。
ただし、異なるプラットフォーム間（iOSとAndroid間）での移行時には注意が必要だ。OSの仕様上、購入済みの有料アイテムやポイントの反映にタイムラグが発生する場合があるため、移行直前の課金処理は控え、通信環境が安定したWi-Fi環境下で移行を行うことが推奨される。
