開発を手掛けた株式会社ゲームフリークは、カセットのバージョンごとにデオキシスのフォルムが自動変化するという、驚くべきシステムを組み込んでいた。『ルビー・サファイア』ではノーマルフォルム、『ファイアレッド』ではアタックフォルム、『リーフグリーン』ではディフェンスフォルム、そして後に続く『エメラルド』ではスピードフォルム。同じ個体であっても、挿し込むカートリッジによって性能とグラフィックがガラリと変わる仕組みだ。
通信交換でソフト間を行き来させるだけで姿を変えるこの仕様は、限られた容量の中でプレイヤー同士の交流を促すための緻密なゲームデザインだった。友人との通信ケーブル接続を通じて新たな強さを発見する興奮は、当時の通信文化を力強く牽引した。