日本国内における先進医療の適用においては、厳格な倫理指針が設けられている。厚生労働省や日本産科婦人科学会は、NIPTなどの遺伝子検査が安易な性別選別目的に利用されないよう、慎重な運用を呼びかけてきた。医療機関においても、性別の告知時期や方法については倫理的配慮がなされている。
現代の産婦人科医療が最も重視するのは、性別がどちらであるかではなく、母体と胎児が健全に妊娠期間を過ごし、無事に出産を迎えることである。医学的検査はあくまで命の健康状態を評価するための手段であり、単なる好奇心を満たすための道具ではないという視点を理解しておく必要がある。