仲間たちが次々と討たれる中、日本の守護神であるアトムもプルートゥの挑戦を受けます。しかし、本来戦闘用ではないアトムの出力は10万馬力であり、10倍のパワーを誇るプルートゥには歯が立ちません。
「アトムを強化して戦わせるべきだ」という周囲の声に対し、育ての親であるお茶の水博士は断固として改造を拒絶しました。ロボットは兵器ではなく人間の友達であり、心こそが最も大切だという信念を持っていたためです。しかし、プルートゥの脅威が迫る中、突如としてアトムの生みの親である天馬博士が姿を現します。
天馬博士はお茶の水博士の制止を振り切り、アトムに手を加えて100万馬力へと引き上げる大改造を断行しました。パワーを手に入れたアトムですが、力を得たことで生じる狂暴性や破壊への恐怖に直面し、力を持つ者の責任と葛藤が濃密に描かれます。
