同ホテルでの滞在満足度を左右する決定打は、予約段階での「客室選び」にあります。館内は大きく「本館」「アネックス（別棟）」「サウスサイド」に分かれており、棟やフロアごとにコンセプトと改修時期が明確に差別化されています。東京ベイファーストリゾート 部屋 おすすめとして真っ先に名前が挙がるのは、ファミリー層から圧倒的な支持を集めるコンセプトルーム群です。
特に男子のお子様連れや世界観を重視するゲストに大人気なのが、本館に配された東京ベイファーストリゾート キャプテンルームです。豪華客船の船長室をモチーフにした内装は、舵輪や羅針盤の意匠が散りばめられ、客室のドアを開けた瞬間から冒険気分を味わえます。また、女子旅やお姫様気分を味わいたいお子様には、アネックス棟の「キャッスルルーム」が最適です。シンデレラ城を彷彿とさせるパステル調のエレガントな空間設計が施されており、写真映えの良さも群を抜いています。
滞在快適性を評価する指標となる東京ベイファーストリゾート アメニティ パジャマの仕様も見逃せません。客室備え付けのナイトウェアは、吸水性に優れた柔らかな肌触りのワンピース（ワッフルガウン）タイプが標準装備されています。セパレートタイプを好む大人の方、あるいは寝相で裾がめくれる心配がある場合は部屋着を持参する工夫が有効です。なお、お子様用パジャマ（110cm〜130cm対応）や歯ブラシ、スリッパはフロントまたはサービスカウンターにて常時貸出が行われており、手荷物を最小限に抑えたい家族連れへの配慮が行き届いています。
