留学生所在不明問題を受け、国の対応は極めて厳しいものでした。文部科学省と出入国在留管理庁は現地調査を実施し、大学側に対して学部研究生の新規受け入れ停止を含む厳重な行政指導を下しました。あわせて日本私立学校振興・共済事業団からは、数年間にわたり私立大学等経常費補助金の全額不交付処分という痛烈なペナルティが科されています。
厳しい処分を経て、東京福祉大学の現在はどのような状態にあるのでしょうか。大学側は問題となった学部研究生制度の運用を根本から改め、定員管理の厳格化と在籍管理システムの刷新を実行しました。理事会やガバナンス体制の見直しも進められ、かつてのような野放図な受け入れ体制は解体されています。
2026年現在においては、文部科学省の指導に伴う是正項目の改善報告をクリアし、本来の設立理念である日本人学生および正規留学生に向けた福祉・心理・教育の専門教育へと回帰しています。過去の汚名が完全に消え去ったわけではありませんが、学内の管理体制そのものは当時とは大きく様変わりしています。