劇中では、諸星秀樹がノアズ・アークの変装である事実を示す数々の鮮やかな伏線が散りばめられていました。
現実世界での諸星秀樹は、大人の権力を笠に着て他者を見下し、会場の立ち入り禁止エリアで平然とサッカーボールを蹴るような傲慢な少年でした。ところが、仮想世界に入った後の彼は、危険を顧みず仲間を助けようとし、コナンの指示を素直に受け入れるなど、明らかに人間性が変化しています。
コナンが決定的な確証を得た最大の伏線が、「汚れたサッカーボール」に対するリアクションでした。道中で転がってきた泥だらけのボールに対し、諸星は迷うことなく見事なリフティングとボレーシュートで返してみせます。潔癖でプライドの高い本物の諸星秀樹であれば、汚れたボールを蹴るような行為は絶対に避けたはずでした。コナンはこの違和感を見逃さず、彼がサッカー好きの純粋な少年（澤田弘樹）であることを見抜いたのです。
物語のクライマックス、暴走列車の上で自らを犠牲にしてコナンを救う諸星の姿は、冷酷なAIではなく、友を想う一人の少年の魂そのものでした。生還を果たしたコナンが静かに呟いた「なぁ、ノアズ・アーク」という言葉は、本作屈指の名シーンとして語り継がれています。
