手作りおにぎりで食中毒が多発する最大の理由は、私たちの皮膚に潜む黄色ブドウ球菌と、米飯自体に付着しているセレウス菌という2つの病原菌の存在です。これらの菌はそれぞれ異なるルートでご飯に侵入し、増殖を始めます。
人の手や指、鼻の粘膜には常在菌として黄色ブドウ球菌が存在しており、特にささくれや手荒れ、切り傷がある部位では菌数が跳ね上がります。素手で温かいご飯を直接握る行為は、自らの手で菌をご飯全体にすり込んでいるのと変わりません。黄色ブドウ球菌が増殖する際に産生する「エンテロトキシン」という毒素は、100℃で30分間加熱しても壊れない極めて頑丈な性質を持っています。食べる直前に電子レンジで温め直しても、一度作られた毒素は無毒化できません。
もう一つの脅威であるセレウス菌は土壌由来の細菌で、精米されたお米にも微量に混入しています。この菌は熱に強い「芽胞」を形成するため、通常の炊飯加熱では死滅しません。炊飯後に保温を切った炊飯器の中や、常温で長時間放置されてぬるい温度（30℃〜40℃）が保たれると、生き残った芽胞が発芽して一気に増殖します。素手による汚染と不適切な温度管理が重なったとき、おにぎりは細菌にとって理想的な培養基と化してしまいます。
