境内の最奥、鬱蒼とした木立を抜けた先に佇む祖霊社へ向かうと、胸を突くような緊張感が漂う。ここには、昭和20年4月7日の坊ノ岬沖海戦において運命を共にした戦艦大和の英霊2,736柱と、第二艦隊の戦没将兵が合祀されている。国家の安寧を祈り続けた古代の社と、国家の命運を賭けて沈んだ巨大戦艦。両者を結ぶ見えない糸が、参拝者の心に重層的な物語を立ち上がらせる。
最新の参拝環境において注目すべきは、境内の整備とともに刷新された社務所での授与品だ。特に戦艦大和の勇姿と社紋が繊細な金糸で織り込まれた特製御朱印帳や、季節ごとの限定御朱印は高い関心を集めている。参道から拝殿、そして戦艦大和みたま鎮魂社へと順を追って歩みを進めることで、古代から昭和に至る日本の精神史を一筋の流れとして体感できる。参拝の際は、まず本殿で国造りの神威に頭を垂れ、その足で英霊の鎮まる社へと向かう順路が推奨される。