道の駅しらねを初めて訪れる旅行者が最も混乱するのが、その「特殊な敷地レイアウト」です。一般的な道の駅は1つの広大な敷地に売店・レストラン・トイレがまとまっていますが、道の駅しらねは県道39号（今諏訪クリックロード）を挟んで南北に施設が完全に分離しています。
南側に位置するのが「道の駅しらね 情報館（南アルプス市観光協会・道路情報コーナー）」であり、北側に位置するのが果物や野菜を販売する「JA南アルプス市 産直直売所（JAこま野 しらね農産物直売所）」です。道の駅本体の公式登録エリアは南側の情報館であり、物産直売スペース自体はJAの独立施設という形態をとっています。
この構造を知らないと、南側の情報館駐車場に車を停めて「直売所がない」と迷ったり、県道を横断歩道で渡る手間が発生します。最初から果物や野菜の買い出しが目的である場合は、北側の「JA農産物直売所」併設駐車場をナビの目的地に設定して進入するのが賢明なアプローチです。
また、営業時間の違いにも注意が必要です。南側の情報館は午前9時から午後5時まで開館していますが、北側の直売所は季節（繁忙期・閑散期）によって営業開始時刻や閉店時刻が変動することがあります。特に果物の入荷が集中する初夏〜夏場は、開店直後の午前9時から午前10時30分が最大の勝負所となります。
