墜落現場となった群馬県上野村の「御巣鷹の尾根」には、犠牲者の霊を慰める「昇魂之碑」が建立されており、毎年8月12日の命日には遺族や関係者による慰霊登山が行われています。
事故から40年余りが経過した現在、遺族の高齢化が進み、登山道を自力で登ることが困難になるケースが増加しています。これを受け、上野村や日本航空、地元ボランティアの手によって登山道のバリアフリー化や手すりの整備、足元の補修が進められてきました。また、直接現地へ足を運べない高齢の遺族のために、オンラインでの追悼中継やメモリアル配信といったデジタル技術を活用した慰霊の取り組みも導入されています。
羽田空港の安全啓発センターには、事故機の残骸やボイスレコーダーの文字起こし記録、乗客が墜落寸前に家族へ宛てて書いた遺書が展示されており、航空業界全体の安全意識を保ち続けるための原点として機能しています。