シノビーブームを加速させた大きな要因として見逃せないのが、読売テレビが誇る人気アニメ枠や豪華声優陣との積極的なコラボレーションだ。シノビー自身が熱烈なアニメ好きという設定もあり、作品の垣根を超えた掛け合い企画がたびたび話題となってきた。
アニメイベントなどで販売される限定コラボグッズは、アニメファンの「推し活」需要と見事に合致。キャラクター同士の掛け合いがデザインされたアクリルキーホルダーや限定イラストカードなどは、オークションサイトやフリマアプリでも高値で取引されるほどの希少価値を生んでいる。